學校學科門類齊全，設有24個教學學院，100個本科專業，兩所直屬附屬醫院。國家級特色專業5個，省級特色專業14個，省級重點學科15個。博士學位授權一級學科點10個；博士后科研流動站9個，博士后工作站1個。工程學、臨床醫學、材料科學、生物學與生物化學、計算機科學、化學、物理學進入ESI學科世界排名前1%……
? 藝術學部∷ 美術與設計學院 ∷ 音樂舞蹈學院 ∷ 戲劇影視學院
? 醫學部∷ 基礎醫學院∷ 生物醫學工程學院∷ 護理學院∷ 藥學院∷ 口腔醫學院∷ 公共衛生學院∷ 醫學人文中心
? 馬克思主義學院
? 經濟學院? 法學院? 人文學院? 外國語學院? 傳播學院? 數學與統計學院? 物理與光電工程學院
? 化學與環境工程學院? 生命與海洋科學學院? 機電與控制工程學院? 材料學院
? 電子與信息工程學院? 計算機與軟件學院? 建筑與城市規劃學院? 土木與交通工程學院
? 管理學院? 高等研究院? 金融科技學院（南特商學院）? 國際交流學院? 繼續教育學院? 體育部? 深大總醫院? 微納光電子學研究院
